Способ первый подходит для рисунков. Для начала как всегда берём картинку.

Я взяла вот эту пчелку:
http://i055.radikal.ru/0909/51/8b6b7c4826b9.jpg

Дублируем слой (Ctrl+J). Теперь приближаем, чтобы было удобнее работать (Z). И закрашиваем глаз цветом века (берём его пипеткой "Eyedropper") на половину.
http://i050.radikal.ru/0909/96/467e81bf5a87.jpg

Хотя можно и целиком, но так будет естественней. Получается примерно вот так:
http://s40.radikal.ru/i090/0909/a7/d728fa180373.jpg

Ещё раз дублируем слой (но уже не первый, а второй, отредактированный, для этого он должен быть активным). Таким же образом закрашиваем вторую половину глаза:
http://s08.radikal.ru/i181/0909/6d/11a91e2ddbc7.gif

Картинка готова, осталось сделать только анимацию.
Открываем окно анимации (Window - Animation), если его нет, то переходим в ImageReady (Ctrl+Shift+M).
Теперь делаем 4 кадра. На первом кадре делаем видимой исходную картинку, на втором - первый редактированый слой, на третьем - второй, на четвёртом - снова второй. Скорость смены кадров ставим по ситуации. Обычно это 0,1 или 0,2. Сохраняем для Web. всё, картинка готова

Способ второй. Моргание глаз животных. Тем же способом выполняется для людей. Применяется в тех случаях, когда нельзя просто дорисовать, т.к. это будет выглядеть неестественно.
Итак, снова берём картинку.

Для начала копируем слой (Ctrl+J). Работаем со вторым слоем. Теперь в меню выбираем Filter - Liquify (Фильтр - Пластика, быстрая клавиша: Shift+Ctrl+X). В открывшемся окне увеличим картинку, чтобы было удобнее работать. И приступаем. Выбираем самый верхний инструмент: Forward Warp Tool. Наша задача - "подтянуть" верхнее веко вниз, тем самым как бы закрывая глаз.

Некоторые так же "подтягивают" нижнее веко, но я так не делаю. Теперь мы копируем второй слой. И "дотягиваем" веко до самого низа, полностью закрыв глаз.

Осталось только разместить картинки на кадрах, настроить время задержки и сохранить в нужном формате.

Лично мне этот метод не нравится именно из-за полос, которые получаются. У меня получилось не очень аккратно, надеюсь у вас выйдет лучше.

Способ третий. Так же применяется для живых объектов.
Тут я выбрала котенка:
http://s51.radikal.ru/i133/0909/90/2445de317cca.jpg

И опять же копируем слой. Нам нужно как и раньше дорисовать веко на половину. Но теперь мы делаем это с помощью инструмента Clone Stamp (S). Он находится на панели инструментов, во втором отделе.
http://i023.radikal.ru/0909/10/d28955d7d2da.jpg

Снова советую увеличить картинку, чтобы было удобнее работать. А теперь приступаем.
Зажимаем клавишу Alt и кликаем на том месте, откуда мы хотим взять образец. Именно этот образец мы будем переносить на открытый глаз, а значит нужно выбрать область, близкую по цвету к краю верхнего века. После того, как мы её выберем, начинаем закрашивать глаз уже как обычно кистью. Следует обратить внимание, что штамп слонирует изображение с того места, где вы поставили начало на то, где вы раскрашиваете. А это значит, что нужно внимательно следить за тем, что у вас переносится.
http://s16.radikal.ru/i191/0909/ee/d50841d96e93.jpg

Теперь копируем изменённый слой и заканчиваем "закрывание" глаз. Здесь важно следить за нижней границей. Чтобы у вас не получился котёнок без глаз вообще, должен оставаться переход от нижнего века и верхнему. А значит мы аккуратно закрашиваем только сам глаз, не залезая на  шерсть под ним.
http://s40.radikal.ru/i087/0909/aa/801c5a5d2196.jpg

Осталось только сделать анимацию. Как и в прошлый раз мы в окне анимации делаем 4 кадра. На первом размещаем слой с открытыми глазами, на втором и четвёртом - с полузакрытыми, на третьем - с закрытыми полностью. Настраиваем время. Готово.
http://s41.radikal.ru/i093/0909/a2/8e95b044efb6.gif

Если вы хотите сделать моргающие глаза с ресницами, то тут нужно быть предельно аккуратным. Стоит ресницы добавлять на опущенное веко уже потом.